Фамилия Габунова — женская форма фамилии Габунова, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Габун. В русской ономастике это слово обычно выводят из диалектного «габунить» — гнуть, мять, делать что-то неуклюже. Соответственно, Габун — это человек, который «габунит», то есть работает неловко, мнёт или гнёт предметы, либо же тот, кто получил такое прозвище за характерную манеру поведения. В говорах встречаются и другие оттенки: в некоторых регионах «габунить» означало «шататься без дела» или «медлить», что тоже могло закрепиться за человеком.

Суффикс -ов в мужской форме указывает на типичную русскую модель образования от прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Фамилии на -ов, как правило, принадлежали крестьянскому и мещанскому сословиям, реже — духовенству. Таким образом, предок носительницы фамилии Габунова — вероятно, крестьянин или ремесленник, которого в деревне знали под прозвищем Габун.

Интересно, что фамилия редкая и имеет локальное распространение. Основной ареал — южные регионы России, в частности Ростовская область и Краснодарский край, а также некоторые районы Украины. Это позволяет предположить, что прозвище могло возникнуть в среде донских или кубанских казаков, где диалектная лексика была особенно разнообразной. Альтернативная версия, менее правдоподобная, связывает фамилию с тюркским корнем «габун» (овчар, пастух), но для русского прозвища это маловероятно: фамилия не имеет характерных тюркских суффиксов и оформлена по славянской модели.

Встречается и написание через «а» — Габанова, но это, скорее всего, вариант, возникший из-за акающего произношения в южных говорах. В целом фамилия Габунова — яркий пример того, как диалектное слово, описывающее повседневное действие или черту характера, превратилось в фамильное имя.