Фамилия Габрунова — женская форма, а её мужской вариант — Габрунов. В основе фамилии лежит имя или прозвище Габрун, а оно, скорее всего, восходит к крестильному имени Гавриил. В народной речи это имя пережило множество сокращений и переделок: Габриэль, Габруш, Габруня, Габрун. Суффикс -ун в таких прозвищах (как и в случае с фамилиями Мишунов, Петрунов) указывает на принадлежность к определённому лицу или на характерную черту, но здесь он скорее выполняет роль уменьшительно-обиходного окончания, отсекающего часть имени.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным глаголом «габровать» — в некоторых говорах так называли небрежную, торопливую работу или хватание чего-либо. Тогда Габруном могли прозвать суетливого или неаккуратного человека. Однако эта версия слабее, так как глагол редок и не дал большого количества фамилий, в отличие от производных от Гавриила.

Фамилия Габрунов — нечастая, с заметной географической привязкой к югу России и Украине. Встречается в документах по Белгородской, Воронежской областям, а также на Кубани и в Ростовской области. Это объяснимо: на юге и юго-западе Руси имя Гавриил в форме Габриэль было особенно распространено под влиянием украинского и польского языков, где «Габриель» — обычная форма.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Габруновы в XIX веке фиксируются преимущественно среди крестьян и однодворцев. Однодворцы — особая категория служилых людей, которые несли сторожевую службу на южных границах, но со временем слились с крестьянством. Поэтому предки современных Габруновых могли быть не просто землепашцами, а потомками пограничной стражи, охранявшей русские рубежи от набегов.

В написании фамилии возможна путаница: встречается вариант Габронов (с буквой «о» во втором слоге), но он ещё реже и обычно считается искажением. Правильное ударение, судя по происхождению от имени, падает на второй слог: Габру́нов.