Фамилия Габрунер — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение не связано с традиционной славянской моделью «прозвище + суффикс принадлежности» (вроде -ов или -ин). В основе лежит немецкая или идишская фамилия Gabruner, которая попала в русскую среду через еврейское или немецкое население западных губерний Российской империи, а затем адаптировалась под русское окончание.

Корень «Габрун» восходит к топониму — названию населённого пункта. В немецкоязычных землях существовало местечко Габрун (Gabrun) или его варианты (например, в Восточной Пруссии или Силезии). По модели «топоним + суффикс -er» (обозначающий выходца оттуда) образовалась фамилия Gabruner — «тот, кто из Габруна». Такой способ типичен для немецких и ашкеназских еврейских фамилий, которые часто давались по месту жительства или происхождения.

Есть и вторая, менее распространённая версия: связь с идишским словом «габр» (силач, крепыш) или с немецким «Gab» (дар, подарок). Но она слабее — топонимическое происхождение для фамилий на -er считается основным.

В Российской империи носители фамилии Габрунер фиксировались в черте оседлости — в Волынской, Подольской, Киевской губерниях, а также в Царстве Польском. Сословно это были в основном мещане или купцы, реже — ремесленники. Фамилия не получила широкого распространения, осталась локальной и немногочисленной.

Интересная деталь: в метрических книгах XIX века фамилию могли записывать по-разному — Габрунер, Габруннер, иногда Габрунеръ с твёрдым знаком на конце. Двойное «н» в середине встречается реже, но указывает на возможное влияние польской орфографии (Gabrunner). После революции, в советских паспортах, написание унифицировалось до «Габрунер» — без удвоения и твёрдого знака.

Сегодня фамилия остаётся редкой. Её носители живут в России, на Украине, в Израиле и Германии, что подтверждает её изначальную миграционную историю.