Фамилия Габрунов — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности и не поддаётся однозначному толкованию с ходу. Чтобы разобраться, откуда она взялась, придётся заглянуть в словари личных имён и прозвищ, а не в списки ремёсел.

Скорее всего, в основе фамилии лежит крестильное имя Гавриил, точнее — его обиходная, народная форма Габрун. В русской традиции имя Гавриил (др.-евр. «муж Божий») давало множество производных: Гаврила, Гаврик, Ганя, а в некоторых говорах — и Габрун. Суффикс -ун характерен для имён, образованных от глаголов (говорун, бегун), но здесь он, вероятно, просто приставка к основе, как в именах Михрун, Петрун. Фамилия на -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Габрунов, то есть сын или потомок Габруна.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от диалектного глагола «габрить», который в некоторых областях означал «говорить невнятно, бормотать» или «делать что-то небрежно». Тогда Габруном могли прозвать неразговорчивого или неаккуратного человека. Однако, учитывая, что имя Гавриил было очень популярно у крестьян и духовенства, а фамилии на -ов от уменьшительных форм имён — типичная модель для центральной России, первая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается в основном на юге России (Ростовская, Волгоградская области) и на Кубани — в тех местах, где в XIX веке активно селились выходцы из малороссийских и южнорусских губерний. В украинском языке имя Гаврило тоже даёт форму Габрун, так что возможны и украинские корни, но словообразовательная модель (на -ов, а не на -енко) указывает на обрусевшую ветвь. Среди сословных групп — чаще крестьяне или мещане, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Однокоренные фамилии — Габриелян (армянская ветвь), Габрусь (белорусская), Габруков (от Гаврила через форму Габрук) — показывают, как одно имя разошлось по разным языковым территориям. Габрунов — один из самых редких вариантов, сохранивших архаичную, почти забытую форму имени.