Фамилия Габруков — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с личным именем или прозвищем, которое почти не встречается в современных официальных документах. В основе лежит имя Габрук. Это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная или обиходная форма от крестильного имени Гавриил (в русской традиции — Гаврила). В народной речи имя Гаврила могло сокращаться до Габри, Габруня, а форма Габрук возникла по той же модели, что и Ванюк от Иван, Петрук от Пётр. Суффикс -ук/-юк в белорусской и украинской традиции указывает на «малого» или «сына»: Габрук — буквально «маленький Гаврила» или «сын Гаврилы». Фамильный суффикс -ов стандартно добавили при русификации, превратив отчество Габруков («чей?») в наследственную фамилию.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям и Белоруссии. Именно там распространена модель образования фамилий на -ук/-юк: Гаврилюк, Ивашюк, и Габруков — её вариант, адаптированный под великорусское окончание. Встречается она и у потомков переселенцев, например, в казачьих старицах или среди крестьян, перебравшихся в Сибирь в XIX–XX веках. Социально предки носителя фамилии — скорее всего, крестьяне или мещане, реже — духовенство, поскольку в среде священников чаще использовали фамилии на -ский (Гавриловский).

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «габрук» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, нерасторопного человека. Но она слабее, так как слово не зафиксировано в авторитетных словарях, а антропонимическая модель «имя + -ук» гораздо типичнее для славянских фамилий. Поэтому основная гипотеза — патроним от Габрука, то есть потомок человека по имени Гаврила.