Фамилия Габуниа — одна из тех, где за простым звучанием скрывается несколько версий происхождения, и окончательного ответа пока нет. Чаще всего её связывают с прозвищем Габун, которое могло возникнуть из осетинского «губун» — «живот, брюхо». Если так, то Габуном в старину называли человека плотного телосложения, с заметным животом. Такие прозвища по внешним признакам были обычным делом: они легко запоминались и без обидняка переходили в фамилию.

Есть и другая, менее вероятная, но любопытная версия. Она отсылает к грузинскому слову ghabua — так называют особую породу кур с «бородой» (хохолком). В этом случае прозвище Габун мог получить птицевод, который разводил именно таких кур. Версия уступает первой по убедительности: прозвища по породам домашней птицы встречаются реже, чем по внешности, и обычно привязаны к узкому кругу хозяев.

Сама фамилия Габуниа построена по грузинской модели с суффиксом -иа, который указывает на принадлежность к роду или местности. Такие окончания типичны для западной Грузии (Мингрелия, Гурия, Имеретия). Это значит, что носитель фамилии — потомок человека по имени или прозвищу Габун, а сама фамилия закрепилась в грузинской среде, скорее всего, в XIX веке, когда фамилии стали передаваться по наследству.

В осетинской версии корень «губун» — тюркского происхождения (сравните с турецким göbek — «пупок, живот»), что неудивительно для региона, где веками смешивались языки и культуры. Если фамилия действительно из осетинского, то её носители могли жить на границе Осетии и Грузии, где такие заимствования обычны.

Итог: фамилия Габуниа — скорее всего, грузинская по форме, но с возможной осетинской или общекавказской основой. Точное значение зависит от того, какой корень считать исходным: «живот» или «курица». Первый вариант надёжнее и чаще встречается в ономастике.