Фамилия Габуева происходит от мужского имени Габу, которое в свою очередь восходит к арабскому имени Габиб (в русской передаче — Хабиб), что означает «любимый», «друг». Форма Габу — это один из вариантов этого имени, характерный для осетинского, ингушского и чеченского языков. В этих языках начальный звук «х» часто переходит в «г», а конечный согласный упрощается. Таким образом, Габу — это не прозвище, а полноценное личное имя, которое давали мальчикам.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или к именам, оканчивающимся на -а/-я. В данном случае к основе Габу- добавили -ев, а затем окончание -а, указывающее на женскую форму. В русском языке фамилии в форме женского рода на -а (Габуева) закрепились в тех регионах, где активно шла русификация местных фамилий, в первую очередь на Северном Кавказе.

Основная версия происхождения — осетинская. В Осетии имя Габу известно в дигорском диалекте, а фамилия Габуев (и её женский вариант Габуева) встречается среди осетин достаточно часто. В ингушской и чеченской среде имя Габу также бытовало, но как разговорная форма от Хабиб. Поэтому носители фамилии Габуева могут иметь как осетинские, так и вайнахские корни. Редкая, но возможная версия — связь с грузинским именем Габуа, которое имеет схожее звучание, но иное происхождение (от грузинского слова «габу» — «щит»). Однако для фамилии Габуева эта версия менее вероятна, так как грузинские фамилии чаще оканчиваются на -дзе, -швили или -иа.

С точки зрения социального контекста, фамилия Габуева не относится к аристократическим или княжеским. В среде осетин и вайнахов носители этой фамилии были в основном свободными общинниками, ремесленниками или воинами. Имя Габу не указывает на конкретное занятие предка — оно говорит о его имени, данном при рождении. Фамилия не имеет ярко выраженной географической привязки, но чаще всего её можно встретить в Северной Осетии, Ингушетии и Чечне, а также в среде диаспоры в других регионах России.

Особенность фамилии в том, что она хорошо показывает процесс адаптации арабского имени через местные языки к русской фамильной системе. Сравните: однокоренная фамилия Хабибуллин (татарская) сохранила арабскую основу, а Габуева прошла через осетинское или чеченское упрощение.