Фамилия Габушева образована от имени Габуш, которое, в свою очередь, является народной уменьшительной формой крестильного имени Гавриил. Имя Гавриил пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка, где оно означало «сила Божья» или «божественный воин». Суффикс -уш в русской ономастике придаёт имени ласкательный, бытовой оттенок. По эмоциональной окраске имя Габуш стоит в одном ряду с такими вариантами, как Гаврилка или Гаврилкин, — это не полное, а домашнее, обиходное именование.

Сама модель образования фамилии — через суффикс -ев от имени на мягкий согласный (Габуш → Габушев) — типична для русских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках. Скорее всего, основатель рода Габушевых был человеком из простого сословия: крестьянином, ремесленником или посадским. В среде духовенства и дворянства такие уменьшительные формы в качестве основы фамилии встречались реже. Таким образом, потомок человека по имени Габуш со временем получил фамилию Габушев, которая буквально означает «принадлежащий Га́бушу», «из семьи Габуша».

Примечательно, что фамилия Габушева — женская форма, а мужской вариант — Габушев. В русской традиции такие фамилии чаще всего встречаются на севере и северо-востоке европейской части России, где были распространены -ев и -ов после мягких и шипящих основ. Если искать региональную привязку, то можно предположить, что носители фамилии происходят из областей бывшего Архангельского, Вологодского или Вятского края, где именование Габуш могло бытовать как самостоятельное прозвище ещё до официального закрепления фамилии.