Фамилия Габушкина — женская форма, а её мужской вариант — Габушкин. В основе лежит неканоническое имя или прозвище Габушка. Чтобы понять, откуда оно взялось, нужно разобраться с первым слогом. Корень «габ» в русских говорах встречается редко и почти всегда указывает на заимствование. Самая вероятная версия — связь с тюркским словом «габ» (мешок, кожаный бурдюк) или с диалектным «габить» — гнуть, наклонять, сутулить. Второй вариант объясняет прозвище Габушка как «сутулый», «сгорбленный» человек. Менее убедительна гипотеза о происхождении от крестильного имени Гавриил через просторечную форму Габрил — слишком много промежуточных ступеней, и в русской ономастике такой переход не зафиксирован.

Суффикс -ушк- в фамилии необычен. В русских фамилиях он чаще встречается как уменьшительно-ласкательный в составе полных форм (дедушка, бабушка), но для образования прозвищного имени — редкость. Это указывает на то, что прозвище Габушка могло быть не столько уменьшительным, сколько описательным — так в говорах называли человека с характерной внешностью или повадкой. Фамилия Габушкин — отчество второго порядка: сначала человека звали Габушка, его детей — Габушкины, а потом это закрепилось как родовая фамилия.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где было сильно тюркское влияние. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное происхождение — скорее всего, от одного прозвища в конкретной местности. По сословной принадлежности предки Габушкиных, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми: фамилии на -ин с неканонической основой редко встречаются у дворянства и духовенства.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Габунов, Габов, Габаев — то Габушкин стоит особняком из-за редкого суффикса. В то время как Габунов мог образоваться от «габун» (мешочник, торговец), Габушкин скорее указывает на внешнюю черту, а не на занятие. Это делает фамилию более древней по типу — прозвище по признаку, а не по профессии.