Фамилия Гагушкина образована от мирского имени Гагушка. В старину так ласково называли гусей и уток. Подобные «птичьи» прозвища были обычным делом в русских деревнях, где человека не отделяли от окружающей природы. Имя Гагушка давали ребенку с пожеланием, чтобы к нему перешли качества, приписываемые этой птице: связь с теплом, весной и пробуждением земли. У славян утка считалась не просто тотемом, а женским символом, связанным с водной стихией и ночным небом. Считалось, что оберег в виде уточки помогает женщине встретить суженого и обрести счастье в семейной жизни. Так что, называя сына или дочь Гагушкой, родители как бы вверяли его покровительству природы.

Сама фамилия — типичная «матронимическая» модель на -ин. Она указывает на принадлежность конкретному человеку: «чей?» — Гагушкин, то есть сын или дочь Гагушки. В отличие от более распространенных фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин чаще присоединялся к основам, оканчивающимся на -а/-я, что характерно для прозвищ и уменьшительных форм. Таким образом, Гагушкины — это потомки того, кого в семье или в деревне звали Гагушкой.

Фамилия редкая. Встречается она в основном в центральных и северных областях России, где крестьянские прозвища дольше сохранялись в официальных документах. В современном написании форма Гагушкина — женская, а мужской вариант — Гагушкин.