Фамилия Гебенова — женская форма фамилии Гебенов, а та, скорее всего, образована от прозвища или имени Гебен. В русских фамилиях суффикс -ов типичен для отчеств, но здесь основа неочевидна и требует разбора. Прямых аналогов в славянских именах нет, поэтому ключ к происхождению — либо тюркские, либо немецкие корни.

Первая и наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках, например в казахском или татарском, слово «гебен» (или «көбен») может означать «стог сена» или «копна». Прозвище Гебен могли дать человеку, который занимался сенокосом, жил у стога или имел отношение к заготовке кормов. Суффикс -ов присоединился уже на русской почве, когда фамилию оформляли по документам. Это объясняет и редкость фамилии — она могла возникнуть в смешанной среде, где тюркское прозвище русифицировали.

Вторая версия — немецкая. Фамилия Гебен (Geben) встречается у немцев, особенно в прибалтийских регионах. Она могла произойти от сокращённой формы имени Гебхард (Gebhard) или от глагола geben — «давать». В таком случае прозвище могло относиться к щедрому или дающему человеку. Немецкие фамилии с окончанием -ов в России — обычное явление для обрусевших немцев, например, Шмидтов или Мюллеров. Если предки Гебеновых были выходцами из немецких колоний Поволжья или Прибалтики, фамилия могла закрепиться именно так.

География фамилии Гебенова сегодня размыта, но единичные случаи встречаются в регионах с тюркским населением (Татарстан, Башкирия) и в местах бывших немецких поселений (Саратовская, Самарская области). Учитывая редкость, фамилия почти наверняка не имеет отношения к дворянству или известным родам — это фамилия крестьянская или мещанская, возникшая в XIX веке при паспортизации.

Из-за малой распространённости точное значение можно установить только по семейным преданиям или архивным записям. Если в роду помнят о немецких корнях — версия с Geben правдоподобнее. Если фамилия встречается среди татар или башкир — скорее всего, основа — тюркское «стог». В любом случае, Гебенова — редкий пример фамилии, где русский суффикс наложился на иноязычную основу, и без исторического контекста не обойтись.