Фамилия Габерган — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение не славянское, а, скорее всего, немецкое или еврейское (ашкеназское). В основе лежит немецкое слово Habergeiß или Habergeiss — так в южнонемецких диалектах называли вальдшнепа (лесную птицу). Буквально это сложение слов Haber (овёс) и Geiß (коза, самка), что дало прозвище «овсяная коза». Птицу так прозвали за характерный крик, напоминающий блеяние, и привычку кормиться на овсяных полях.

Второй вариант, менее вероятный, но возможный: от немецкого Haber (овёс) и Gang (ход, путь) — прозвище торговца овсом или человека, возившего овёс. Однако в пользу «птичьей» версии говорит то, что фамилии-прозвища от названий птиц в немецкой традиции встречаются часто (ср. Amsel — дрозд, Fink — зяблик). Суффикс -ан в русской передаче — это адаптация немецкого окончания, которое при заимствовании фамилии в русскую среду оформилось по аналогии с фамилиями на -ан (типа Гайдукан, Балаган).

Фамилия Габерган почти не встречается в центральной России. Её носители — потомки немецких колонистов, переселявшихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках (особенно в Поволжье, Причерноморье, на Волыни), или евреев из черты оседлости, у которых фамилия могла быть записана по немецкому образцу. Встречаются варианты написания: Габергауз, Габергас, Габергайс — все они восходят к той же основе Habergeiß. В дореволюционных метрических книгах и списках поселенцев фамилия фиксировалась именно в форме Габерган, что говорит о том, что конечное -s или -ss было утрачено при записи на слух.

Социально предки носителей фамилии Габерган — скорее всего, крестьяне-колонисты или ремесленники. Прозвище «вальдшнеп» могло закрепиться за охотником, лесником или человеком с длинным носом (напоминающим клюв птицы). В любом случае, фамилия не дворянская и не купеческая — она из среды простых переселенцев, чей язык и быт оставили след в виде таких необычных для русского уха прозвищ.