Фамилия Габзагиров — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней нет привычных корней, указывающих на ремесло, внешность или имя предка. Скорее всего, это русифицированная форма тюркской или кавказской фамилии. Суффикс -ов типичен для русской модели оформления иноязычных фамилий: исходную основу «Габзагир» адаптировали под русское склонение и паспортную систему.

Самая вероятная версия ведёт к тюркскому имени Габзагир (или Габзагер). В нём выделяются два компонента: «габз» (арабского происхождения, от корня «хабз» — сжатие, удержание, владение) и «гир» (персидское «гир» — берущий, хватающий). В сумме имя могло означать «владеющий», «держащий», «завоеватель» или «тот, кто берёт своё». Такие имена с компонентом «гир» (например, Габзагир, Гаджигир, Алигир) встречались у кумыков, ногайцев, татар и других тюркоязычных народов Северного Кавказа и Поволжья.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с арабским «габз» в значении «сборщик» или «взимающий налог». В таком случае прозвище Габзагир мог получить сборщик податей или человек, отвечавший за учёт. Однако для тюркских языков более характерна именно антропонимическая модель — личное имя, а не прозвище.

Фамилия Габзагиров почти не встречается за пределами России, её носители сосредоточены в регионах с тюркским населением: в Дагестане, Чечне, Татарстане, а также среди башкир. В документах XIX — начала XX века она могла записываться через «а» или «о» (Гобзагиров), но единой нормы не было до советской паспортизации.

Словообразовательно фамилия проста: основа Габзагир- плюс патронимический суффикс -ов. Это означает, что предка звали Габзагиром. Сословной принадлежности фамилия не выдаёт: её могли носить и крестьяне, и горские уздени (свободные общинники). Поскольку фамилия не имеет славянского корня, её разбор по морфемам в русской ономастике затруднён — это целиком заимствованная основа, которую оформили по русскому образцу.