Фамилия Габзалилов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием кроется сложная восточная основа. Разбирать её стоит, отталкиваясь от имени или прозвища родоначальника, поскольку в русской ономастике фамилии на -ов (а Габзалилов — именно такая, патронимическая) чаще всего образуются от личного имени или прозвища отца. Вопрос лишь в том, что легло в основу: имя или родовое имя.

По одной из версий, прозвище Габзалил могло обозначать принадлежность к конкретному родовому подразделению юрматов — одного из семи башкирских племён. Для тюркских народов характерно, когда название рода или племени становится фамильным прозвищем, а затем, после перехода в русскую форму, закрепляется в документах. Если это так, то предок носителя фамилии был заметным членом именно этого подразделения.

Вторая версия, пожалуй, более прозрачна для этимолога: Габзалил — это сложносоставное личное мужское имя. Первая часть, Габзал (или Абзал), восходит к арабскому корню со значением «самый лучший», «достойный», «благородный», «драгоценный». В казахском и башкирском языках слово «абзал» сохранило именно этот высокий оценочный смысл. Вторая часть — «ил» — в тюркских языках означает «страна», «народ», «год» (в значении «время»). Таким образом, имя Габзалил можно истолковать как «благородная страна» или «лучший год», что для восточной антропонимии — типичный пожелательный смысл, когда ребёнка нарекали, желая ему процветания и достоинства.

Модель образования фамилии проста: к основе Габзалил добавился русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае означает «сын Габзалила». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Габзалилов, что свойственно многим фамилиям тюркского происхождения, адаптированным русским языком.

Географически фамилия тяготеет к регионам расселения башкир и татар — это Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её можно встретить в деревнях, где жили юрматынцы. Сословная принадлежность предков, вероятнее всего, была крестьянской или военно-служилой (казачьей), что типично для башкирских родов.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Абзалилов, Габзалов) показывает, что все они восходят к одному семантическому гнезду, но различаются суффиксальным оформлением: в Габзалилове сохранился полный состав имени, тогда как в Абзалилове произошла утрата начального протетического звука «Г», характерная для некоторых татарских и башкирских говоров.