Фамилия Гафлицын — редкий пример фамилии, образованной не от имени или профессии, а от названия населённого пункта с помощью суффикса, указывающего на происхождение. В основе лежит топоним Гафлицы — так могло называться село, деревня или усадьба. Суффикс -ын (в мужском варианте -ын, в женском -ына) типичен для русских фамилий, образованных по модели «чей?»: он указывает на принадлежность к роду, вышедшему из этого места. Таким образом, Гафлицын буквально означает «выходец из Гафлиц» или «потомок того, кто из Гафлиц».

Корень «Гафлиц-» не имеет очевидных славянских параллелей. Вероятнее всего, это заимствование из немецкого или польского языков. В немецком «Gaffel» — вилка, развилка (например, речная развилка), а суффикс -itz характерен для славянизированных немецких названий в Восточной Пруссии и Померании. В польском «gafla» — рыбацкая острога, но это менее вероятно. Географически фамилия могла закрепиться в западных губерниях Российской империи — там, где пересекались немецкие колонисты и польское население, например, в Витебской или Могилёвской губерниях.

Словообразовательная модель с суффиксом -ын при топонимической основе — редкость. Обычно русские фамилии от названий мест образуются через -ский/-ской (как Тверской, Ростовский). Вариант Гафлицын показывает, что основа воспринималась не как географическое название общего рода, а как обозначение конкретной семьи или рода, жившего в этом месте. Это сближает фамилию с более частыми «дворянскими» фамилиями на -ин (например, Голицын), но без княжеского происхождения — скорее, это фамилия однодворцев или мещан, чьи предки переселились в центральную Россию.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В дореволюционных метрических книгах её можно найти в единичных записях по Смоленской и Тверской губерниям, что подтверждает версию о миграции с запада. В современной России носители сосредоточены в основном в Москве и Подмосковье, но численность не превышает нескольких сотен человек. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что делает Гафлицына «чистой» фамилией — без наслоения знаменитых однофамильцев, только географическая и языковая загадка.