Фамилия Галапенко — характерный пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился на Левобережной Украине и в Слобожанщине как показатель «чей сын» или «чей потомок». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые чаще передавали принадлежность к отцу-владельцу, -енко изначально было патронимическим указанием на родство: Галапенко — буквально «Галапов сын» или «потомок того, кого звали Галап».

Корень «Галап-» неочевиден, но, скорее всего, он восходит к прозвищу Галап. В украинских говорах слово «галап» могло означать нечто вроде «повеса» или «гуляка» (сравните с польским «gałgan» — негодник, хотя это заимствование из немецкого). Есть и более прозаичная версия: «галап» в диалектах — это разновидность рыболовной сети или снасти, так что прозвище мог получить рыбак. Третья, менее вероятная гипотеза выводит корень от имени Галактион (в просторечии Галапа), но тогда фамилия звучала бы как Галапоненко или Галаганенко — фонетический переход сомнителен.

Географически фамилия Галапенко чаще всего встречается в Полтавской и Черниговской областях, а также в соседних районах России, куда шла миграция малороссийских крестьян в XVIII–XIX веках. Это указывает на то, что носители фамилии происходили из казацкой или крестьянской среды — дворянских родов с такой фамилией в ревизских сказках не зафиксировано.

Таким образом, предок современного Галапенко, скорее всего, был человеком с прозвищем Галап — либо за бойкий нрав, либо за занятие рыболовством. Фамилия не утратила прозрачности для носителя украинского языка, но для русского уха её корень затемнён, что нередко вызывает путаницу с похожими фамилиями вроде Галанин или Галактионов.