Фамилия Галаунер — один из тех случаев, когда написание почти полностью выдаёт иноязычное происхождение. В русской среде суффикс «-ер» встречается крайне редко и не является продуктивным в фамилиях восточнославянского типа. Скорее всего, это фамилия немецкая или еврейская (ашкеназская), пришедшая на территорию Российской империи в XVIII–XIX веках.

В основе фамилии лежит немецкое слово «Galauner» или «Galaune». В немецком языке «Galauner» — это вариант диалектного произношения слова «Gauner», что значит «мошенник», «плут», «жулик». Слово имеет долгую историю: оно восходит к средневерхненемецкому «gūner», а то — к идишу и воровскому арго. В немецких землях фамилии, образованные от прозвищ с отрицательной коннотацией, нередки. Это не значит, что предок был преступником: прозвище могли дать за хитрость, изворотливость, умение договориться или даже за необычную профессию, например, зазывалу на ярмарке.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с топонимом. В Германии есть несколько мест с названиями, похожими на «Galaun» (например, Галаун в Баварии). Тогда «Галаунер» — это указание на выходца из такого места: «тот, кто из Галауна». Однако эта гипотеза слабее, так как фамилия с суффиксом «-er» в значении «житель» обычно пишется через «-er» (Berliner, Hamburger), но в данном случае корень «Galaun» не образует распространённой топонимической модели.

В Российской империи носители фамилии Галаунер встречались в основном в черте оседлости — на западе и юго-западе (Волынская, Подольская, Киевская губернии), а также в Прибалтике и Петербурге. В советское время фамилия сохранилась, но остаётся редкой. Встречаются варианты написания: Галаунер, Галаунеръ (до реформы орфографии), изредка — Галаунер-... (с двойной фамилией).

Таким образом, самая вероятная версия: Галаунер — прозвищная фамилия немецкого или еврейского происхождения, означающая «хитрец» или «ловкач», и закрепившаяся за предком, который отличался острым умом или занимался не совсем прямолинейным ремеслом.