Фамилия Галиханова — женская форма фамилии Галиханов, и её основа указывает на восточное, скорее всего, тюрко-монгольское происхождение. В центре фамилии лежит составное имя Галихан, которое можно разобрать на две части: «Гали» и «хан». Первая часть — «Гали» — это один из вариантов арабского имени Али (высокий, возвышенный), широко распространённого в исламском мире. Вторая часть — «хан» — изначально тюркский титул, означающий правителя, повелителя. Таким образом, имя Галихан в буквальном смысле переводится как «великий хан» или «высокий правитель», что было престижным именованием у татар, башкир, казахов и других народов.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русской адаптации восточных фамилий: к основе Галихан добавляется суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Галиханов — это буквально «сын Галихана», а Галиханова — «дочь Галихана» или жена Галихана. Такая модель массово закреплялась в документах Российской империи в XIX веке, когда у народов Поволжья, Урала и Кавказа фиксировали фамилии по отчеству или имени предка.

Географически фамилия Галиханова чаще всего встречается среди татар и башкир, а также у народов Северного Кавказа, где имя Гали (Али) и титул хан были одинаково популярны. Встречаются носители и среди казахов, но там более распространена форма Галихан. В русском контексте фамилия могла закрепиться за татарскими служилыми людьми или торговцами, которые переходили на оседлый образ жизни и получали фамилию по имени отца.

Стоит отметить, что вторая часть фамилии — «хан» — не обязательно говорит о прямом родстве с правителями. В народной среде это имя часто давали как пожелание ребёнку быть сильным и уважаемым, почти как прозвище. Поэтому предки Галихановых могли быть и простыми крестьянами, и ремесленниками, но с гордым именем, которое со временем стало родовым. Встречаются и редкие варианты написания — через «а» в конце (Галиханова) или с ударением на второй слог, что характерно для некоторых диалектов.