Фамилия Галубочкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не оставило следов в письменных источниках, но при этом прозрачно по смыслу. Корень здесь — «галуб-», диалектный и старый вариант слова «голубь». В северных и южных русских говорах, а также в белорусском и украинском языках «галуб» или «галубок» и значило голубя. Соответственно, Галубочка — это ласкательное прозвище человека, которого сравнивали с голубем: либо за мягкий, кроткий нрав, либо за внешность (светлые, «голубиные» глаза, седина). Фамилия образована по типичной для восточнославянского ономастикона модели: прозвище на -ка (Галубочка) плюс притяжательный суффикс -ин. В итоге Галубочкин — буквально «сын Галубочки», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Интересно, что суффикс -очк- в основе встречается реже, чем просто -к- (Галубкин) или -ин- (Галубин). Он придаёт фамилии ярко выраженный уменьшительно-ласкательный оттенок. В старину такое прозвище могли дать не только взрослому, но и ребёнку — как домашнее, семейное имя. В документах фамилия фиксируется преимущественно в центральных и южнорусских регионах, а также среди казачества, где «галубок» было ходовым обращением. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель не разбирается отдельно, но по аналогии с фамилиями вроде Голубчиков или Голубочкин (с той же основой, но с полногласием) можно уверенно говорить о происхождении от названия птицы.

Версия о связи с украинским «галушка» (вид клёцки) или глаголом «галубить» (манить, ласкать) возможна, но маловероятна: первая не даёт естественной формы «галубочка», вторая слишком редка. Самое правдоподобное объяснение — птичье прозвище. Сословной привязки у фамилии нет: Галубочкины могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовного звания — «голубиные» прозвища были распространены во всех слоях.