Фамилия Гананайко звучит так, будто за ней стоит целая история, но на деле её разбор укладывается в два шага: украинская модель образования и редкое, почти исчезнувшее имя в основе. Это типичная фамилия западного и центрального украинского ареала, где суффикс -айко (или -яйко) служил для образования фамилий от личных имён, прозвищ и названий профессий. В данном случае основа — Ганан.

Ганан — это не просто случайное сочетание звуков. Скорее всего, это народная форма церковного имени Агафон (от греческого agathos — «добрый», «хороший»). В украинской и белорусской среде имя Агафон нередко упрощали до Гапон, Ганат, а в некоторых говорах — до Ганан. Суффикс -айко в таком контексте выполнял две функции: указывал на принадлежность («сын Ганана») и одновременно придавал фамилии оттенок уменьшительности или родственной близости. Получается: Гананайко — буквально «маленький Ганан» или «сын Ганана».

Есть и вторая, менее вероятная версия. В украинских диалектах слово «гана» (от польского gana — «порицание», «упрек») могло стать прозвищем для ворчливого или придирчивого человека. Тогда Гананайко — «потомок того, кого звали Ганан», где Ганан — прозвище, образованное от качества характера. Но эта гипотеза слабее: суффикс -айко в украинской ономастике почти всегда прикрепляется к личным именам, а не к абстрактным существительным.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским областям — Волыни, Подолью, Галичине. В документах XIX века встречаются единичные записи в метрических книгах Волынской губернии. В современной России фамилия редкая, чаще всего её носители — потомки переселенцев из Украины времён Столыпинской аграрной реформы или более поздних миграций.

Словообразовательная модель -айко интересна ещё и тем, что она почти не встречается в великорусских фамилиях, зато характерна для украинских и белорусских (сравните: Завадский и Завадский — разные суффиксы, а вот Дорошенко и Дорошайко — разница в оттенке). Гананайко стоит в одном ряду с фамилиями типа Маркайко (от Марко), Степанайко (от Степан) или Данилайко (от Данило). Все они указывают на то, что предок носителя был известен в общине по имени, а не по прозвищу или роду занятий. Социальный статус, скорее всего, был крестьянским или казачьим — фамилии на -айко редко встречаются у шляхты.