Фамилия Гананчян — яркий представитель армянской ономастики, и её происхождение напрямую связано с традиционным армянским словообразованием. Основа фамилии — «Гананч» (Գանանչ), что в переводе с армянского означает «зелёный» или «свежий». Типичный армянский патронимический суффикс «-ян» (или более архаичный «-янц») указывает на принадлежность к роду: Гананчян — «из рода Гананча» или «потомок Зелёного».

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Гананч. В армянской среде такие прозвища давали не по цвету глаз, а по роду занятий. «Зелёным» могли называть человека, который работал с зеленью: садовода, огородника, торговца зеленью на базаре. Другая, менее вероятная версия — прозвище по внешности или характеру (например, молодой, неопытный, «зелёный» человек). В пользу первой гипотезы говорит массовый характер подобных профессиональных фамилий у армян.

Если рассматривать фамилию в контексте диалектов, в некоторых говорах западного армянского «гананч» могло означать не просто зелёный цвет, а конкретный вид травы или растения. Это сужает возможную специализацию предка: он мог быть не просто торговцем, а, скажем, сборщиком или знатоком целебных трав.

Фамилия распространена среди армян диаспоры, особенно в семьях, происходящих из Западной Армении (исторические области, ныне на востоке Турции). В самой Армении встречается реже, что типично для фамилий, образованных от нарицательных прилагательных, а не от личных имён. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Гананчян), и не склоняется у женщин (Анна Гананчян).