Фамилия Ганарея — редкая и неочевидная. В ней нет привычных русских фамильных суффиксов вроде -ов или -ин, и это сразу подсказывает направление поиска: перед нами, скорее всего, не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычного слова или прозвища. Написание с конечным -ея характерно для фамилий, пришедших из греческого, румынского или южнославянских языков, где -ея может быть вариантом окончания -ия или -еа.

Самая правдоподобная версия связывает основу с греческим словом «ганари» (γαναρι) — так называют маленькую лодку, челнок, а также вид рыбы. В этом случае Ганарея — это фамилия-прозвище, которую могли дать рыбаку, лодочнику или перевозчику. В греческой ономастике такие прозвища, переходящие в фамилии, обычны: человек получал имя по роду занятий или по характерному предмету, с которым был связан. Если предок был греком из Причерноморья, Малой Азии или греческих колоний, фамилия могла закрепиться в форме Ганарея.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая, — происхождение от румынского слова «gănăreț» (ганэрец), означающего «удачливый», «ловкий», или от «gănărie» (хитрость, уловка). В румынском языке фамилии на -ея встречаются, хотя и не массово. Тогда Ганарея — прозвище смышлёного, изворотливого человека.

С точки зрения словообразования, фамилия не получила русского суффикса, а сохранила исходную иноязычную форму. Это говорит о том, что носители могли быть переселенцами, не ассимилированными до конца в крестьянской среде, где фамилии обычно русифицировали. Возможно, предки были греческими купцами, ремесленниками или моряками, осевшими в южных портах Российской империи — в Одессе, Таганроге, Феодосии. В метрических книгах XIX века такие фамилии фиксировались в греческих общинах.

Споров вокруг этимологии немного: альтернативные версии (от индийского «ганапати» или тюркского «ганар») не имеют под собой ни языковой, ни географической почвы и относятся скорее к любительским догадкам. Наиболее обоснованной остаётся греческая «лодочная» версия.