Фамилия Ганатовская образована от имени Ганат, которое в переводе с туркменского означает «крыло». Суффикс –ский указывает на украинское или польское происхождение этой фамилии. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ганатовских можно лишь на основании генеалогических исследований.