Фамилия Ганатовский начинается не с имени или прозвища, а с географического названия. Типичная модель для фамилий на -ский: их давали по месту, откуда человек родом или где владел землей. Основа здесь — Ганатов или Ганатово. Такое название могло произойти от личного имени Ганат (редкая форма от Гавриил или Игнатий) или от прозвища Ганат, которое в южнорусских и украинских говорах иногда означало «насмешник» или «балагур» (от глагола «ганати» — насмехаться, корить). Впрочем, вторая версия менее надёжна: слово «ганати» больше распространено в польском языке, и фамилия вполне может иметь польские корни.

Суффикс -овский указывает на шляхетское или казачье происхождение. В Речи Посполитой такие фамилии часто получали мелкие дворяне, владевшие хутором или деревенькой Ганатов. На территории современной Украины и Беларуси фамилия встречается до сих пор, особенно в Волынской и Гродненской областях. В России Ганатовские — редкие, их можно встретить в основном на юге или в среде потомков переселенцев с запада.

Спорная деталь: некоторые исследователи выводят основу от древнегреческого «ганатос» — смерть, но это явная натяжка. Фамилия не могла возникнуть из книжного греческого слова в крестьянской или шляхетской среде. Правдоподобнее считать, что в основе лежит уменьшительное имя Ганат, которое когда-то давали в народе, а уже от него пошло название поселения и фамилия.

В XIX веке носители фамилии фиксировались среди духовенства и мещан. Один из известных Ганатовских — протоиерей Михаил Ганатовский, служивший в Херсонской губернии. Это лишний раз подтверждает, что фамилия не была исключительно дворянской: на -ский оканчивались и фамилии семинаристов, которые получали их при поступлении в училище по названию родного села.