Фамилия Ганчиковы (в мужском роде — Ганчиков) происходит от просторечной формы крестильного имени Гавриил. В основе лежит имя Ганчик — один из многих вариантов, которыми в народе заменяли длинное церковное имя. Гавриил в переводе с древнееврейского означает «божественный воин» или «моя сила — Бог», но к фамилии это значение имеет лишь косвенное отношение: имя давали при крещении, а фамилию образовали от его обиходной, «домашней» версии.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Ганчик прибавили типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Ганчиков). Изначально так называли сына, внука или человека из семьи Ганчика. Суффикс -ов — самый массовый в русской антропонимии, он характерен для фамилий, сложившихся в центральных и северных регионах России. Это косвенно указывает, что носители фамилии, скорее всего, выходцы из великорусских земель, а не с юга или запада, где чаще встречались бы суффиксы -ук, -енко или -ский.

Имя Гавриил давало множество народных производных: Ганя, Ганька, Ганик, Ганчик. Форма Ганчик — уменьшительно-ласкательная, с характерным для русских диалектов суффиксом -ик. В некоторых говорах так могли называть не только ребёнка, но и взрослого мужчину невысокого роста или с мягким характером — прозвища на -ик нередко закреплялись за людьми как уличные имена.

Точное время возникновения фамилии Ганчиков установить сложно: процесс оформления фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий. Однако сама модель — отчество от просторечной формы имени — говорит о том, что предки носителя фамилии не принадлежали к высшим сословиям. В дворянской среде такие «упрощённые» фамилии встречались реже, там предпочитали полные формы имени или фамилии на -ский.

В современных базах данных фамилия Ганчиков встречается нечасто, что делает её ценной для генеалогического поиска: узкая распространённость часто указывает на конкретный регион или даже одно село, где фамилия закрепилась за несколькими родами.