Фамилия Гандыбин — редкий образец русской фамилии, образованной от прозвища с помощью суффикса -ин. В русской ономастике суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я, указывая на принадлежность: «чей?» — Гандыбин, то есть сын или потомок Гандыбы. Модель типична для северных и центральных областей России, но сама основа нестандартна.

Прозвище Гандыба восходит к глаголу «гандобить». В диалектах у этого слова два основных значения: «копить, сберегать» и «делать медленно, мешкать». Первое значение даёт портрет бережливого, хозяйственного человека, который по крупицам собирает добро. Второе — человека неторопливого, возможно, флегматичного или неповоротливого. Какая из версий точнее — сказать сложно, но обе правдоподобны: прозвище могло закрепиться и за скопидомом, и за медлительным работником.

Фамилия фиксируется в документах как минимум с начала XVII века: в 1609 году в Нижегородском уезде упоминается Гандыбина Ирина. Это одна из ранних письменных фиксаций, что делает фамилию исторически ценной. Нижегородский уезд — территория, где активно бытовали диалектные слова, в том числе и «гандобить». По сословной принадлежности ранние носители, вероятно, относились к крестьянам или посадским людям, но точных данных о дворянских ветвях нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Гандыба, Гандобин, Гандобиев) показывает, что форма Гандыбин — самая распространённая. Вариант Гандобин мог возникнуть из-за акающего произношения, но в официальных записях закрепился именно с буквой «ы» в корне. Сегодня фамилия встречается редко, в основном в центральной России и Поволжье.