Фамилия Ганыбин — одна из тех, где на первый взгляд очевидный корень ведет в сторону от прямого толкования. Самое простое, что приходит в голову — связать её с глаголом «ганить» (бранить, порицать, осуждать). В некоторых говорах «ганыба» или «ганыбник» действительно могли назвать сварливого, бранчливого человека. Однако эта версия встречает препятствие: суффикс -ыб- нехарактерен для русских прозвищ, образованных от глаголов. Обычно в таких случаях появляются суффиксы -л- (ганила) или -ун- (га́нун). Поэтому прозвище Ганыба, скорее всего, имело другую природу.

Более убедительно выглядит версия, что в основе лежит не глагол, а имя или прозвище, родственное диалектному слову «ганыба» — так в некоторых регионах (например, в тверских и псковских говорах) называли человека с большой головой, лобастого. Слово это, в свою очередь, могло быть связано с «ганьба» (головня, головешка) или с «ганать» (гнуть, нагибать). Тогда прозвище Ганыба — описательное, по внешней примете, и фамилия Ганыбин образована по простой модели: «чей?» — Ганыбин, то есть сын или потомок Ганыбы. Формант -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, что типично для фамилий, возникших в северных и центральных землях России.

Стоит обратить внимание на географию. Фамилия Ганыбин редкая, её основные очаги — Вологодская и Архангельская области, а также встречается в Сибири, куда переселенцы уходили с Русского Севера. Это косвенно подтверждает версию с диалектным словом, так как именно в северных говорах сохранилось слово «ганыба» в значении «лобастый». В южных областях фамилия почти не встречается.

Если же отталкиваться от глагольного корня, то можно предположить, что прозвище Ганыба давали не просто бранчливому человеку, а тому, кто постоянно «ганил» — то есть нагонял, понукал, торопил. В некоторых говорах «ганить» означало ещё и «гнать, погонять». Тогда Ганыба — это понукатель, работящий или требовательный человек. Но и здесь суффикс -ыб- остаётся нестандартным, что делает эту версию менее вероятной, чем описание внешности.

Таким образом, фамилия Ганыбин — это типичная «северная» фамилия, образованная от редкого прозвища, скорее всего, по характерной внешней черте (большая голова, лоб). Её носители — потомки выходцев из Архангельской или Вологодской земли, где такие прозвища были в ходу.