Фамилия Ганджунц — армянская по происхождению, что сразу заметно по её окончанию. Суффикс -унц (или -янц) — это классический армянский патронимический формант, указывающий на принадлежность к роду или клану. В армянском языке слово «азганун» (фамилия) буквально переводится как «имя клана», и Ганджунц — именно такой случай: фамилия, образованная от имени предка или названия места, к которому принадлежал род.

Основа фамилии — Гандж — вызывает несколько версий, и ни одна из них не выглядит натянутой. Самая прямая: армянское слово «гандж» означает «клад», «сокровище». Прозвище Гандж мог получить либо кладоискатель, либо человек, нашедший богатство, либо, что проще, зажиточный торговец или ростовщик. В этом случае фамилия Ганджунц — «из рода того, кто связан с кладом».

Другая, не менее вероятная версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия древнего города Ганжа (в русской традиции — Гянджа), второго по величине города современного Азербайджана, основанного ещё в VIII веке. Армянские роды, переселившиеся из Гандзака (так Гянджа звучит по-армянски) или имевшие с ним прочные торговые связи, нередко получали фамилию Ганджунц. В армянской ономастике это стандартная модель: название города плюс суффикс принадлежности.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: корень гандж (клад или топоним) + суффикс -унц, образующий фамилию по принципу «из рода такого-то». Обратите внимание: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, армянские на -унц не склоняются по падежам. Встречается и вариант написания Ганджянц — с тем же смыслом, но через более распространённый суффикс -янц.

Исторически носители фамилии Ганджунц могли быть купцами, ремесленниками или духовными лицами — точных сословных данных по этой фамилии нет, но армянские фамилии на -унц в XIX веке фиксировались преимущественно в восточных областях исторической Армении (Эриванская, Елизаветпольская губернии), где и находилась Гянджа. Это косвенно поддерживает топонимическую версию.