Фамилия Ганджюбасова — редкий случай, когда необычное звучание почти наверняка указывает на нерусское происхождение, а суффикс -ов выдает обрусение. Основа фамилии — «гандж» — не имеет славянских корней и ведёт на Кавказ или в Закавказье. Наиболее вероятная версия: в основе лежит тюркское или азербайджанское слово «гяндж» (вариант «гандж»), что означает «сокровище», «клад», «богатство». В азербайджанском городе Гянджа (Ганджа) это слово закрепилось в топонимике. Вторая часть — «юбас» — скорее всего, искажённая фамилия или прозвище Юбас (Юбаш). Встречается фамилия Ганджа (Гандж), а также сочетания вроде Ганджалиев, что указывает на имя-прозвище Ганджали («богач», «обладатель сокровища»). Суффикс -ов типичен для русской паспортной системы: так фиксировали фамилии инородцев в XIX–XX веках, приписывая окончание по мужской линии.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия явно составная: Гандж + Юбасов. Это могло означать «Гандж, сын Юбаса» или «Гандж из рода Юбаса». Суффикс -ов добавлен к целому комплексу, что редкость: обычно он крепится к одному корню. Сравните с фамилиями типа Алибеков, Гаджиев — там основа имя + отчество. Ганджюбасова — женская форма; мужская — Ганджюбасов. Вероятно, носители — потомки выходцев из Азербайджана, Дагестана или тюркоязычных народов Кавказа, переселившихся в центральную Россию в конце XIX — начале XX века и получивших фамилию по отцу при записи в метрики.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, она практически не фиксируется за пределами постсоветского пространства, а в России сосредоточена в единичных случаях. Это исключает массовое крестьянское или дворянское происхождение. Скорее всего, фамилия образовалась в одной семье, где имя или прозвище Гандж (Ганджа) соединили с отчеством Юбасович. Ударение, по аналогии с похожими фамилиями (Гаджиюбасов), падает на второй слог: Ганджюба́сова.

Другие версии менее правдоподобны. Например, связь с литовским словом «gandžius» (аист) маловероятна: суффикс -юбас не характерен для балтийских фамилий. Вариант с греческим «ганди» (петух) также не подтверждается географией. Самый надёжный путь — считать фамилию тюрко-кавказской, где «гандж» — богатство, а «юбас» — личное имя. Социальный контекст: предки могли быть купцами или ремесленниками, но не крепостными, так как фамилии такого типа часто давали свободным переселенцам.