Фамилия Ганибаур — редкий случай, когда русская по форме фамилия с самого начала была немецкой по корням. Её основа — немецкая фамилия Ганнибал (Hannibal) или её вариант Ганибал, которая попала в русскую языковую среду и получила типично немецкий суффикс -баур. Этот суффикс восходит к слову Bauer — «крестьянин, земледелец». Таким образом, буквальное значение фамилии Ганибаур — «крестьянин Ганнибал» или «Ганнибал-земледелец». Получается, что перед нами не просто прозвище по имени, а двусоставная конструкция, где вторая часть указывает на социальный статус или род занятий первого носителя.

Словообразовательная модель здесь необычна: в русском языке фамилии на -баур не образуются. Это целиком заимствованная немецкая модель сложения двух основ (Hannibal + Bauer), которая затем была русифицирована через окончание -а (вместо немецкого Hannibal Bauer). Скорее всего, фамилия возникла в среде российских немцев — в Поволжье, Причерноморье или в Петербургской губернии, где в XVIII–XIX веках жили немецкие колонисты. Они нередко брали фамилии по имени отца с добавлением профессии или статуса, и Ганибаур — один из таких гибридов.

Основой для первой части послужило имя Ганнибал — редкое, но известное в Европе благодаря карфагенскому полководцу. В России оно стало известно ещё и благодаря Абраму Петровичу Ганнибалу — прадеду Пушкина. Однако для простого немецкого крестьянина это имя было не столько данью истории, сколько библейским или календарным именем: в некоторых немецких протестантских общинах имя Hannibal встречалось как редкое, но допустимое. В православной среде оно не прижилось, поэтому фамилия Ганибаур почти не встречается у русских — она осталась в семьях обрусевших немцев.

Географически фамилия крайне редкая. В дореволюционных источниках её можно встретить в метрических книгах лютеранских приходов, особенно в Самарской и Саратовской губерниях, а также в Одессе. После депортации советских немцев в 1941 году часть носителей оказалась в Казахстане и Сибири, где фамилия сохранилась до наших дней. Сейчас Ганибаур — это почти всегда потомок немецких колонистов, чьи предки взяли себе фамилию, соединив редкое имя с указанием на крестьянское происхождение.