Фамилия Ганибаева — редкий пример, где основа, скорее всего, тюркская, а суффикс — русский, но с неожиданным поворотом. На первый взгляд, перед нами типичная матрица: корень Ганибай + суффикс принадлежности -ев, указывающий на отца («чей?» — Ганибаев). Окончание -а выдает женскую форму, то есть перед нами вариант фамилии для женщины.

Если отбросить суффикс, остается основа Ганибай. Это составное тюркское имя, где первая часть «Гани» восходит к арабскому «Гани» (богатый, состоятельный, также одно из имен Аллаха — Аль-Гани, Всебогатый). Вторая часть — «бай» (господин, богач, хозяин). Таким образом, имя Ганибай буквально означает «богатый господин» или «богач». Такие имена-пожелания были распространены у башкир, татар, казахов и других тюркских народов: родители желали сыну достатка и уважения. Фамилия, таким образом, образована от личного имени Ганибай по русской модели: «сын Ганибая».

Однако здесь есть нюанс, который отличает эту фамилию от десятка других на -баев. В русском языке имя Ганибай могло подвергнуться переосмыслению из-за созвучия с фамилией знаменитого полководца Ганнибала (арапа Петра Великого, предка Пушкина). В народной этимологии имя Ганибай могли путать с «Ганнибал», а суффикс -ев мог появиться именно потому, что «Ганнибал» воспринимался как основа на твердый согласный. Поэтому часть носителей фамилии Ганибаев (и Ганибаева) — это потомки людей, которых в метриках записали не как «Ганибаев», а как «Ганибалов», но со временем форма на -ев закрепилась. Встречаются и единичные случаи, когда фамилия произошла от прозвища «Ганибай» — так могли назвать человека за важную осанку или богатую одежду, в насмешку или всерьез.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татаро-башкирским населением и к Кавказу (особенно Дагестан, где имя Гани распространено у аварцев и кумыков). Встречается она и у казахов, но там чаще пишется как Ганибаев (без женского окончания). То, что вы видите форму Ганибаева, указывает на то, что носительница — женщина, а её отец или муж носил фамилию Ганибаев. Сословного барьера у этой фамилии не было: её могли получить и крестьяне, и купцы, и дворяне (если предок был пожалован чином), но в основе всегда лежит личное имя, а не указание на ремесло или место жительства.