Фамилия Ганифаева образована от мужского личного имени Ганифай. Это имя — одна из русских народных форм арабского имени Ганифа (Ганифат), которое восходит к корню со значением «чистый», «правдивый», «сторонник истинной веры». В исламской традиции «ханиф» — человек, исповедовавший единобожие ещё до прихода пророка Мухаммеда. Имя было распространено среди татар и башкир, откуда и попало в русскую среду.

Суффикс -ев указывает на типичную модель образования русских фамилий от имён, оканчивающихся на -ай. Сначала появилось отчество Ганифаев («сын Ганифая»), которое со временем закрепилось как фамилия. Интересно, что ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Ганифаева, хотя исходное имя Ганифай может произноситься и с ударением на последний слог.

Фамилия распространена в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически жили татары и башкиры, принявшие православие. Встречаются и варианты написания: Ганифаева, Ганифаев, а также, реже, Ганифова. Родственная фамилия — Ганиев, образованная от той же основы, но через другую модель (от имени Гани без суффикса -ай). Обе фамилии не имеют отношения к русскому слову «гнать» или «гонять» — это случайное звуковое совпадение.

Сословная принадлежность у Ганифаевых была разной: среди носителей встречались и крестьяне, и мещане, и купцы. В дореволюционных метрических книгах Казанской и Уфимской губерний фамилия фиксируется с середины XIX века. Ганифаевы жили в деревнях, где смешанное татаро-русское население часто меняло веру и фамилии, адаптируя их к русской грамматике.