Фамилия Ганиханова — редкий случай, когда на стыке двух языков образовалась форма, почти не встречающаяся в стандартных справочниках. Её основа — восточное имя Ганихан, где первая часть «Гани» восходит к арабскому «ганий» — «богатый», «состоятельный», а вторая — тюркский титул «хан». Получается двусоставное имя вроде «богатый правитель» или «хан, владеющий богатством». Такие конструкции типичны для мусульманских народов Поволжья и Средней Азии: имя + социальный статус или эпитет.

Русский суффикс -ов- превратил мужское имя Ганихан в фамилию Ганихан-ов, а окончание -а указывает на женскую форму. То есть Ганиханова — это, строго говоря, «дочь или жена Ганиханова». Мужской вариант — Ганиханов. В русской традиции такие фамилии закреплялись за представителями татарской, башкирской или казахской знати, у которых имя отца переходило в фамилию рода.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану и Башкортостану, реже встречается в Средней Азии. Интересно, что, в отличие от многих тюркских фамилий на -ов, здесь не произошло усечения конечного «н» в имени: Ганихан сохранился целиком, а не превратился в Ганихов. Это говорит о позднем оформлении фамилии — вероятно, в конце XIX — начале XX века, когда имя уже было устойчивым и не сокращалось по аналогии с более ранними заимствованиями.

Сословного статуса носителей по одной фамилии не определить: «хан» в имени мог быть почётным прозвищем, а не указанием на реальный титул. Скорее всего, предки Ганихановых — зажиточные крестьяне, купцы или духовные лица, которые взяли фамилию по имени деда. В дореволюционных метрических книгах такая фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её сравнительно недавнее происхождение.