Фамилия Ганиходжаев — наглядный пример того, как в русском языке осваивались фамилии восточного происхождения. Её основа — составное арабско-персидское имя Ганиходжа, которое для русского уха звучало как одно слово, а затем получило стандартный русский патронимический суффикс -ев.

Разберём имя-основу. Первая часть, «Гани» (от арабского غني — «ганий»), означает «богатый», «состоятельный», «зажиточный». В мусульманской традиции это один из эпитетов, который мог входить в состав личного имени. Вторая часть, «ходжа» (от персидского خواجه — «хваджа»), — это почётный титул, который в Средней Азии обозначал уважаемого человека, купца, наставника или потомка пророка. Соединившись, имя Ганиходжа буквально обозначает «богатый господин» или «зажиточный ходжа» — то есть человек, который либо обладал состоянием и уважением, либо получил имя, желающее ему такого положения.

Фамилия образована по продуктивной для русского языка модели: к основе, оканчивающейся на гласный, добавляется суффикс -ев (аналог -ов после мягких и шипящих). Таким образом, Ганиходжаев — это «сын Ганиходжи». Изначально это было отчество, которое закрепилось как фамилия в среде оседлого населения Средней Азии, прежде всего в Узбекистане и Таджикистане, где титул «ходжа» был широко распространён.

Исторически носители этой фамилии — скорее всего, выходцы из купеческих или духовных сословий, так как титул «ходжа» подразумевал определённый социальный статус. После вхождения региона в состав Российской империи и особенно в советское время, когда фамилии стали обязательными, форма на -ев была закреплена в документах. В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Ганиходжаев напрямую несёт в себе социальный маркер: она указывает не на ремесло, а на положение предка в общине.

С точки зрения ономастики, фамилия интересна тем, что сочетает арабский корень, персидский титул и русский суффикс — три культурных слоя в одной словоформе. Встречается она относительно редко, сосредоточена в основном в Узбекистане и среди диаспор, а в русскоязычной среде может иметь варианты написания (Ганиходжаев, Гани-Ходжаев), но нормативным считается слитное написание.