Фамилия Ганиев образована от арабского мужского имени Гани. В переводе на русский язык оно означает «очень богатый, состоятельный» — это один из эпитетов Аллаха, входящий в число 99 прекрасных имён Всевышнего в исламской традиции. Имя Гани несло пожелание достатка, благополучия и божественной милости для ребёнка.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: к основе Гани- добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («сын Гани»). Такая модель типична для фамилий, возникших в среде тюркских и кавказских народов, исповедующих ислам, где арабские имена соединялись с русскими фамильными формантами в период активного учёта населения в Российской империи.

По своему происхождению фамилия Ганиев — не русская в этническом смысле, а общероссийская мусульманская. Её носители — в основном татары, башкиры, азербайджанцы, народы Дагестана и других регионов, где распространён ислам. Встречается она и у народов Средней Азии, где схожие фамилии (Гани, Ганиев, Ганиева) также восходят к тому же корню.

Что касается редких деталей: фамилия Ганиев — одна из немногих, где арабский корень сохранил исходное значение «богатство» (غني — гани), а не приобрёл бытовое прозвищное значение. В ономастике это называют «идеальной» фамилией — она прямо и без искажений передаёт смысл личного имени.