Фамилия Ганыев — одна из тех, где суффикс подсказывает путь, а основа заставляет гадать. Суффикс -ев указывает на притяжательную модель: фамилия образована от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — «Ганый» или, что вероятнее, «Ган». Если перед нами «Ган», то фамилия должна бы звучать как Ганов, но здесь работает тюркский или кавказский фонетический след: в языках, где встречается аффриката или мягкое «н», при русификации могло появиться «Ганый» — отсюда и Ганыев.

Самая прямая версия — от тюркского имени Ган или Гани. В татарском, башкирском, казахском языках «Ган» (Гани) восходит к арабскому «Гани» — богатый, состоятельный, независимый. Имя Гани широко распространено у мусульманских народов, и фамилия Ганыев могла возникнуть как патроним: «сын Гани». Форма «Ганый» в русской записи — обычная адаптация: окончание -ий передавало мягкость, а в документах XIX века часто писали «Ганый», откуда и -ев в фамилии.

Реже, но возможно, что основа — прозвище Ган, связанное с диалектным глаголом «ганить» — осуждать, бранить, или с «ган» в значении «брань, ссора» (южнорусские и украинские говоры). Однако такая версия слабее: прозвища от «ганить» обычно давали в формах Ганила, Ганило, Ганя, а не Ган. К тому же география фамилии Ганыев — преимущественно Поволжье, Приуралье и Татарстан, что указывает на тюркские корни, а не на славянскую диалектную лексику.

Встречается и написание с «о» — Ганоев, но это уже результат аканья или ошибок переписи. В любом случае, фамилия Ганыев — пример того, как арабское имя через тюркское посредничество и русскую суффиксацию стало русской фамилией, сохранив память о предке, которого звали Гани.