Фамилия Ганиева — женская форма, образованная от мужской Ганиев, а та, в свою очередь, от арабского имени Гани. Это имя — один из 99 эпитетов Аллаха, и в переводе с арабского оно означает «очень богатый, состоятельный», «обладающий несметным богатством». В исламской традиции имя подчеркивает не материальное, а духовное и божественное богатство, что придавало ему высокий статус у народов, принявших ислам.

Модель образования фамилии типична для тюркских и кавказских регионов России: к основе Гани- добавляется русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих основ). Такая гибридная форма — арабское имя плюс славянский суффикс принадлежности — характерна для татар, башкир, азербайджанцев, народов Дагестана. Фамилия указывает на то, что предок носителя носил имя Гани, а сама фамилия закрепилась как «сын Гани» (Ганиев) или «дочь/жена Гани» (Ганиева).

Процесс становления таких фамилий в Поволжье и на Кавказе растянулся на несколько столетий: у татар и башкир они массово фиксировались после реформ XVIII–XIX веков, а в горных районах Дагестана — позже, вплоть до советского времени. Поэтому без генеалогических исследований невозможно точно установить, когда именно предки конкретной семьи Ганиевых получили фамилию, но ясно, что её основа — уважаемое в исламе имя.

Встречаются однокоренные фамилии с той же основой: Ганеев (с вариантом произношения через «е»), Ганиев, а также татарские формы без суффикса — просто Гани. Географически фамилия распространена в Татарстане, Башкортостане, Дагестане, среди азербайджанцев и в Средней Азии.