Фамилия Ганицкая — женская форма от Ганицкий, и в её основе лежит суффикс -ск-, типичный для польской и западнорусской шляхты. Такие фамилии образовывали от названий местности: владелец поместья или выходец из села получал прозвище по имени своего имения. Исходный топоним в данном случае — скорее всего, Ганица. Это название встречается в Беларуси (деревня Ганица в Витебской области) и в Польше (Ganice). Если предок получил фамилию по месту жительства, то он был либо мелкопоместным дворянином, владевшим этим хутором или деревней, либо крестьянином, перебравшимся оттуда в другой регион.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — происхождение от прозвища Ганец. В польских говорах «ganić» означает «бранить, порицать». Ганец — человек, который постоянно кого-то упрекает или сам заслуживает осуждения. В таком случае фамилия Ганицкий — это патроним (сын Ганца) с добавлением шляхетского суффикса -ский, что не редкость: недворянские прозвища часто «облагораживали» при переходе в фамилию.

Ударение в фамилии плавающее: в русской традиции чаще говорят Ганицкая (с ударением на первый слог), в украинской и польской — Ганицкая (на второй). Поскольку фамилия явно несёт следы Речи Посполитой, её носители — потомки либо православной шляхты Великого княжества Литовского, либо ополяченной белорусской знати. В XIX веке Ганицкие встречались среди мещан и духовенства Волынской и Минской губерний.