Фамилия Ганищенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, распространённой в основном на Левобережной и Степной Украине. Суффикс -енко в XVI–XVII веках означал «маленький» или «сын»: Ганищенко буквально — «сын Ганища». В основе лежит неканоническое имя или прозвище Ганищ(а), которое, скорее всего, является производным от крестильного имени Гавриил (через народные формы Ганя, Ганька). В украинской традиции имя Гавриил часто сокращалось до Ганя, а суффикс -ищ(а) мог придавать уменьшительно-ласкательное или, наоборот, уничижительное значение — в зависимости от контекста. Таким образом, Ганища — это «маленький Ганя» или, по другой версии, прозвище человека с именем Ганя, а Ганищенко — его потомок.

В некоторых говорах юга России и Украины слово «ганиться» означало «торопиться», «спешить», но эта версия менее вероятна: суффикс -енко почти всегда прикреплялся к личным именам или прозвищам, а не к глагольным основам напрямую. Фамилия встречается преимущественно в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, что подтверждает её происхождение из казацкой среды — именно там фамилии на -енко были особенно массовыми в XVII–XVIII веках.

В отличие от фамилий Ганин (русская модель с суффиксом -ин) или Ганичев (с суффиксом -ев, характерным для севера), Ганищенко сохраняет украинскую словообразовательную логику. Форма с суффиксом -ищ- в основе встречается реже, чем просто Ганич или Ганенко, что делает фамилию более локальной и конкретной. Сословно носители фамилии относились в основном к казакам и крестьянам; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.