Фамилия Ганиченко — один из ярких примеров того, как личное имя, пройдя через цепочку уменьшительных форм, закрепилось в качестве родового прозвища. В её основе лежит отчество второго порядка, то есть «сын Ганича» и, соответственно, «внук Гани». Такая модель с суффиксом -енко особенно характерна для украинской ономастики и широко распространилась в XVII–XVIII веках, указывая на происхождение предка с территорий современной Украины или юга России.

Корень фамилии — имя Ганя, которое в большинстве случаев является одной из многочисленных уменьшительных форм от канонического крестильного имени Гавриил. В переводе с древнееврейского Гавриил означает «божественный воин», а его небесным покровителем считается Архангел Гавриил — вестник тайн Божьих, возвестивший Деве Марии о рождении Иисуса Христа. В народной речи имя Гавриил дробилось на десятки вариантов: Гавря, Гаврик, Гаврюша, Гавша — и, наконец, краткое и удобное Ганя.

Однако у имени Ганя есть и альтернативные версии происхождения. В русской и украинской среде оно могло быть уменьшительной формой от греческих имен Агапий («любимый») или Агафон («добро, благо»). Эти имена были менее распространены, чем Гавриил, но в отдельных регионах и семьях вполне могли дать начало прозвищу Ганя.

Судя по простоте и «народности» исходного имени, основатель рода Ганик (а от него — Ганиченко) был человеком из простого сословия, скорее всего, крестьянином или ремесленником. Фамилии с суффиксом -енко в массе своей принадлежали казацкой старшине и мещанам, но в основе всегда лежало личное имя или прозвище, которое носил дед. Таким образом, фамилия Ганиченко хранит память о предке, которого в быту звали Ганя, и напрямую связывает современных носителей с традицией называть детей в честь архангелов или в честь добродетелей (как в случае с Агапием).