Фамилия Ганин — типичный пример того, как полное церковное имя в повседневной речи сокращалось до неузнаваемости, а затем закреплялось в фамилии. В основе лежит имя Гавриил, которое в народе имело множество уменьшительных форм: Гавря, Гаврик, Ганя. От последней и пошла фамилия Ганин. Учитывая, что имя Гавриил означает «божественный воин» и было одним из самых распространенных на Руси, фамилия встречается довольно часто и не привязана к какой-то одной местности.

Иногда в качестве основы предлагают украинское слово «гана» — осуждение, порицание. По этой версии, прозвище Ганя могли дать человеку строгому, любящему критиковать. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ин в русских фамилиях почти всегда указывает на принадлежность («чей?» — Ганин, то есть сын Гани), а в основе таких фамилий чаще лежат крестильные имена, а не редкие нарицательные слова.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин присоединился к основе Ганя. Такие фамилии (от форм на -я) типичны для северных и центральных областей России. В сословном плане Ганины могли быть кем угодно — от крестьянина до священника, ведь имя Гавриил носили все без исключения. В документах фамилия фиксируется с XVII века, но, как и большинство «патронимических» фамилий, массово закрепилась только к XIX столетию.