Фамилия Ганина чаще всего образована от имени Гавриил, точнее — от его уменьшительной формы Ганя. Имя Гавриил, как и многие библейские имена, пришло на Русь с христианством. В быту длинное имя быстро сокращали, и наряду с Ганей возникали формы Гавря, Ганя, Гаврик — от них пошли фамилии Гаврилов, Гаврилин, Ганюшкин. Ганина — одна из ветвей этого гнезда. Исходное значение имени — «божественный воин» (с древнееврейского), но к бытовому прозвищу это уже прямого отношения не имело: Ганей звали просто для удобства.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганина — «дочь или жена Гани». В русской ономастике это типичная модель для фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Такая фамилия не говорит о сословии — её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, смотря где и когда она закрепилась.

Существует и другая версия, менее распространённая: будто бы Ганя восходит к украинскому «гана» — «осуждение, порицание». Согласно этой гипотезе, прозвище Ганя могли дать ворчливому или строгому человеку. Однако эта версия уступает первой: имя Гавриил было настолько популярно, что его производные встречаются повсеместно, а нарицательное «гана» — узко диалектное, и следов такого прозвища в исторических документах почти нет.

Географически фамилия Ганина не привязана к одной области. Она встречается и в центральных русских регионах, и на Урале, и в Сибири — туда её принесли переселенцы. В некоторых говорах «ганя» могло означать ещё и «крикун» или «задира» (от глагола «ганить» — бранить), но это уже параллельное значение, которое могло совпасть с формой имени.

Таким образом, в девяти случаях из десяти Ганина — это наследница имени Гавриил, и предки носительницы этой фамилии, скорее всего, звались просто Ганей, без всякого намёка на осуждение или божественную войну.