Фамилия Ганна — редкий случай, когда путаница начинается уже с написания. В русском языке она выглядит как женское имя, но на деле это мужская фамилия, и её происхождение напрямую связано с украинским или белорусским произношением имени Анна. В этих говорах начальное «а» часто переходило в «г» (так называемое протетическое «г»), и Анна превращалась в Ганна. Фамилию дали не женщине, а потомку человека, которого в быту звали Ганна — то есть сыну или внуку Анны. Это классическая «матронимическая» фамилия, образованная от женского имени, что встречается реже, чем отчества от мужских имён.

Суффикс -а в данном случае не типичный русский фамильный показатель. Обычно русские фамилии заканчиваются на -ов, -ин, -ский. Форма Ганна без суффикса — это застывшая украинская или белорусская модель, где фамилия совпадает с именем или прозвищем в именительном падеже. Такие фамилии (Тарас, Петра, Ганна) характерны для западнорусских земель и Правобережной Украины, где польская административная традиция не требовала русификации окончаний.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от тюркского или арабского имени Ханна (в значении «милость», «благосклонность»). В этом случае написание через «Г» — результат адаптации звука «х» в южнорусских говорах. Но эта гипотеза слабее: во-первых, имя Ханна в мусульманской среде редкое, во-вторых, фамилии на -а от тюркских основ чаще получали суффиксы (-ев, -ин), а не нулевой.

Географически фамилия Ганна встречается в основном в западных областях Украины (Волынь, Подолье), в Беларуси и среди потомков переселенцев в Сибири. В центральной России она практически не фиксируется. Социальный состав носителей — преимущественно крестьянство и мещанство, без выраженного дворянского слоя, что подтверждает народное, а не книжное происхождение.