Фамилия Ганова — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а прозвище, связанное с оценкой поведения. Исходное слово — украинское «гана», то есть «осуждение», «порицание». Поэтому прозвище Ган могли дать человеку по двум зеркальным причинам: либо его самого часто осуждали за необычный образ жизни, не вписывающийся в рамки, либо он сам имел привычку осуждать других, быть строгим судьёй чужих поступков. В любом случае, прозвище цепкое и эмоциональное — не нейтральное, а с яркой социальной окраской.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — Ганова, то есть дочь или жена человека по прозвищу Ган). В мужском варианте фамилия звучала бы как Ганов, но женская форма Ганова исторически закрепилась и бытует самостоятельно. Интересно, что в украинской среде фамилия могла бы оформиться и без суффикса — просто Гана, но русская традиция добавила -ов, что делает её «своей» и в русском ономастиконе.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям — там, где слово «гана» было в ходу. Встречается она нечасто, что подтверждает её прозвищное, а не массовое происхождение. В отличие от фамилий от крестильных имён (Иванов, Петров), Ганова не имеет церковных корней и не связана с календарём — это чисто бытовое, мирское прозвище, отражающее отношения в деревенской общине.

В ономастических трудах фамилию обычно не выделяют в отдельную статью — она слишком редка, чтобы попасть в большие словари. Но по аналогии с более известными фамилиями той же модели (Ганов, Ганин) можно с уверенностью говорить об украинской основе. Если у ваших предков сохранилось предание, что Ган — это сокращение от имени Ганна (Анна), такая версия тоже возможна, но менее вероятна: суффикс -ов редко присоединяют к женским именам в чистом виде, а «гана» как нарицательное слово объясняет прозвище проще и убедительнее.