Фамилия Ганюкова — женская форма фамилии Ганюков, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Основа фамилии — личное имя или прозвище Ганюк. Это уменьшительная форма от канонического имени Гавриил, которое в народной речи часто превращалось в Ганя, Ганюк. Гавриил переводится с древнееврейского как «муж Божий» или «сила Божья», но в быту имя утратило религиозный оттенок и стало бытовым. Суффикс -юк в основе указывает на южнорусское или украинское влияние: в этих говорах -юк был типичным уменьшительным окончанием (ср. Иван — Иванюк, Пётр — Петрюк). Таким образом, Ганюк — это «маленький Ганя», то есть сын или младший родственник человека по имени Ганя (Гавриил).

Модель образования фамилии — патронимическая, то есть «чей-то сын». Фамилия Ганюков (а от неё Ганюкова) означает «потомок Ганюка». Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от основ на твёрдый согласный. В украинской традиции фамилия могла бы остаться без суффикса — просто Ганюк, но в русском языке она получила стандартное оформление.

Географически фамилия Ганюков (и Ганюкова) чаще всего встречается в регионах, граничащих с Украиной: в Брянской, Курской, Белгородской областях, а также в южных районах России. Это подтверждает версию о южнорусском корне. Встречается она и в самой Украине, но там обычно в форме Ганюк. В XIX веке носители фамилии были в основном крестьянами или мещанами — никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении не обнаружено.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «ганюк» могло быть и прозвищем, не связанным с именем. В диалектах русского языка «ганя» иногда означало «ротозей» или «простак», но эта версия менее вероятна — прозвища такого типа редко становились основой для фамилий с суффиксом -юк. Основная и самая правдоподобная версия — от имени Гавриил через форму Ганюк.