Основой фамилии Ганюков послужило мирское имя Ганя. По одной из версий, фамилия Ганюков происходит от прозвища Ганя из нарицательного «гана» (в переводе с украинского – «осуждение»). Согласно другой, более правдоподобной гипотезе, фамилия Ганюков была образована от имени Гавриил. В основе фамилии лежит его уменьшительная форма – Ганя. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский переводится как «божественный воин». Суффикс –юк в составе фамилии указывает на ее западно-украинское происхождение. Веселовского записаны: Ганюков Алексей Гаврилов, солевар, 1583 г., Двина; Айдар Ганюков, толмач Посольского приказа, 1614 г.