Фамилия Ганюков — один из тех случаев, когда в основе лежит не полное календарное имя, а его народная, обиходная форма. Чаще всего за именем Ганя скрывается Гавриил (в переводе с древнееврейского — «божественный воин»), хотя в некоторых говорах так могли называть и Галактиона, и Агафона. Менее убедительна версия, возводящая прозвище Ганя к украинскому «гана» («осуждение»): она слабо подтверждается историческими документами, тогда как связь с Гавриилом прослеживается прямо.

На западно-украинских землях уменьшительные имена часто оформлялись суффиксом -юк (сравните: Иван — Иванюк, Степан — Степанюк). Со временем патроним на -юк закрепился как фамилия и в таком виде попал в северорусские переписи. Самые ранние упоминания относятся к XVI–XVII векам: в 1583 году на Двине отмечен солевар Алексей Гаврилов сын Ганюков, а в 1614 году в Посольском приказе служил толмач Айдар Ганюков. Оба примера показывают, что фамилия уже тогда бытовала в разных сословиях — от посадских людей до приказных чиновников.

Таким образом, Ганюков — типичная «полуотчество»: прямое указание на то, что предка звали Ганей (Гавриилом), а суффикс -юк выдаёт регион, где фамилия сформировалась. В современной России она встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что характерно для фамилий, ушедших с западных территорий вместе с миграционными потоками.