Фамилия Ганчукова образована от прозвища или имени Ганчук, а тот, скорее всего, от основы Ган-. Самая прямая версия — связь с украинским или южнорусским словом «ганчар» (гончар). В диалектах «ганчар» — это мастер, делающий глиняную посуду. Уменьшительный суффикс -ук (характерный для западнорусских и украинских земель) превратил «ганчар» в «Ганчарук», а дальнейшее упрощение (выпадение «р») дало форму «Ганчук». То есть Ганчуковы — потомки гончара. Суффикс -ов в окончании фамилии — стандартный русский патроним: «чей?» — Ганчуков.

Менее очевидная, но возможная версия — от крестильного имени Ганна (просторечная форма Ганны, то есть Анны). В таком случае Ганчук — это «Ганнин сын» (ср. Ванюк от Иван, Петрук от Пётр). Однако женская основа для фамилии встречается реже, и обычно её выбирали, если мужчина был вдовцом или воспитывался матерью. Версия с гончарным ремеслом выглядит правдоподобнее: она объясняет и географию фамилии (Украина, Белгородчина, Курская область), и её «профессиональный» подтекст.

Фамилия Ганчукова — недворянская. Её не встретишь в родословных книгах Российской империи. Это типичная фамилия ремесленников или крестьян, которые получили прозвище по занятию. В современной России она редкая, но встречается в Белгородской, Ростовской областях и на Кубани — как раз там, где исторически оседали выходцы из Малороссии.