Фамилия Ганайчук — характерный пример западного украинского антропонима. Её выдает суффикс -чук, который вписывается в продуктивную модель, типичную для Волыни, Подолья и Полесья. Этот суффикс выполнял функцию отчества или указания на принадлежность: Ганайчук — это «сын Ганайка» или «потомок человека по прозвищу Ганай».

Основа Ганай — спорная. Наиболее вероятная версия связывает её с распространённым в украинских говорах глаголом ганати (или ганити): гнать, понукать, бранить, упрекать. Прозвище Ганай могли дать человеку вспыльчивому, нетерпеливому, либо тому, кто постоянно подгонял лошадей в дороге. Менее правдоподобно, но возможно, что в основе лежит румынское или молдавское влияние: в этих языках «гана» означает «наказание» или «штраф», а «ганай» — «наказуемый», что тоже могло закрепиться как прозвище.

Суффиксальная модель -ай (Ганай, как Мигай, Шугай, Бодай) в украинской антропонимии указывает на прозвищное происхождение, часто от глаголов действия. Такие прозвища были живыми и описательными, не связанными с крестильным именем.

Встречаются также варианты написания Гонайчук и Ганнайчук, что связано с диалектным произношением и неустойчивостью безударных гласных в документах XIX — начала XX века. Географически фамилия тяготеет к Тернопольской, Хмельницкой и Ровенской областям, что подтверждает её западноукраинское происхождение.

Сословного статуса у фамилии нет: Ганайчуками могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане. Фамилия фиксируется в метрических книгах середины XIX века, то есть окончательно оформилась в период массового закрепления фамилий на Правобережной Украине после отмены крепостного права. Прямых параллелей в русской фамильной системе нет — это чисто украинская модель, не перешедшая в великорусские фамилии на -ов.