Фамилия Ганенко — украинская по происхождению, и её выдает суффикс -енко. На востоке Украины такие фамилии были особенно типичны: они указывали на потомка человека, носившего исходное имя или прозвище. В основе фамилии лежит сокращенная форма — Ганя. Чаще всего так в быту называли человека с полным именем Гавриил. Имя это древнееврейское, в переводе означает «божественный воин». То есть Ганенко — это буквально «потомок Гани», то есть Гавриила.

Есть и другая версия, менее популярная, но лингвистически возможная. Она связывает фамилию не с именем, а с прозвищем Гана. В украинском языке слово «гана» означает «осуждение», «порицание». Так могли прозвать человека сварливого или, наоборот, того, кого часто осуждали окружающие. Однако в ономастике более убедительной считается версия от имени Гавриил: она проще и логичнее объясняет появление фамилии, поскольку уменьшительные имена вроде Ганя были повсеместны, а прозвища с негативным оттенком закреплялись реже.

Интересно, что фамилия Ганенко встречается не только в восточных областях Украины, но и в пограничных с ними районах России, что подтверждает миграционные потоки XIX–XX веков. По своему словообразовательному типу она входит в большую группу фамилий на -енко, которые в XVII–XVIII веках стали маркером именно украинского происхождения, в отличие от русских фамилий на -ов и -ин.