Основой фамилии Ганенко послужило мирское имя Ганя. Фамилия Ганенко была распространена в восточных районах Украины, на это указывает суффикс -енко. Возможно, что она происходит от прозвища Гана из нарицательного «гана» (в переводе с украинского – «осуждение»). Согласно другой, более правдоподобной версии, фамилия Ганенко была образована от имени Гавриил. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский переводится как «божественный воин».