Фамилия Ганюковы происходит от имени или прозвища Ганя, а суффикс -юк в её основе указывает на западно-украинское происхождение. В русском языке такие фамилии чаще всего образовывались с помощью суффикса -ов, поэтому сочетание «Ганюк» плюс «-ов» — это позднее обрусение исходной украинской или белорусской формы.

Спор о том, что именно лежит в основе — мирское имя или прозвище, — решается в пользу имени. По одной версии, прозвище Ганя могли дать человеку сварливому или осуждающему окружающих: в украинском языке «гана» означает «осуждение». Однако более правдоподобно, что Ганя — это просторечная уменьшительная форма от канонического имени Гавриил. Само имя Гавриил древнееврейского происхождения, в переводе — «божественный воин». На Руси оно было распространено, и его сокращали по-разному: Ганя, Гавря, Ганюк.

Суффикс -юк в фамилиях характерен для Западной Украины, Волыни и Подолья. Он выполнял ту же роль, что и русский -ов: обозначал «сына» или «потомка» человека по имени Ганя. Когда носитель такой фамилии оказывался в великорусских землях, фамилию могли переоформить по местной модели, добавив -ов. Так и появились Ганюковы.

Исторические источники подтверждают, что фамилия встречалась уже в XVI веке. В записях Степана Веселовского упомянуты: Ганюков Алексей Гаврилов, солевар, 1583 год, Двина; а также Айдар Ганюков, толмач Посольского приказа, 1614 год. Обратите внимание: Алексей записан как «Гаврилов» — это прямое указание на связь с именем Гавриил. То есть уже в XVI веке фамилия Ганюков воспринималась как отчество, образованное от Ганя, которое, в свою очередь, было формой от Гавриил.

Таким образом, Ганюковы — это потомки человека, которого в быту звали Ганя. Скорее всего, это был Гавриил, а фамилия оформилась на западнорусских землях и позже закрепилась в центральной России.